UNEP/CMS headquarter in Bonn - © Florian Keil

La Secretaría de la CMS es el órgano de coordinación de la Convención. Sus funciones se describen en el Artículo IX de la Convención. Éstas incluyen:

  • Organizar y prestar servicio a las reuniones de la Conferencia de las Partes (COP), el Consejo Científico (ScC) y el Comité Permanente (StC)
  • Promover y apoyar el desarrollo de Acuerdos
  • Estimular y supervisar la investigación y proyectos de conservación
  • Promover el intercambio de información entre las Partes
  • Colaborar con organizaciones internacionales gubernamentales y no gubernamentales.

La Secretaría de la CMS está administrada por el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA).

Desde su fundación la Secretaría ha tenido su sede en Bonn, Alemania. Tras haber compartido ubicación con la Agencia Federal para la Conservación de la Naturaleza (BfN), la Secretaría se mudó al Campus de las Naciones Unidas de Bonn en 1998. Varias organizaciones de las Naciones Unidas comparten estas instalaciones, entre ellas: los Voluntarios de Naciones Unidas (VNU), la Secretaría de la Convención Marco sobre el Cambio Climático (CMCC) y la Secretaría de la Convención para la Lucha contra la Desertificación (CNULD).