La Conferencia de las Partes (COP) es el órgano de toma de decisiones de la Convención. Se reúne en intervalos de tres años.
El Comité Permanente (StC) ofrece orientación política y administrativa entre las reuniones.
El Consejo Científico (ScC) se reúne entre las sesiones de la COP para ofrecer asesoramiento en temas científicos e identificar prioridades de investigación y conservación.
La Secretaría desarrolla y promueve Acuerdos, organiza reuniones, apoya y supervisa proyectos de investigación y conservación y coopera con gobiernos y organizaciones asociadas. La Secretaría está administrada por el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA) y tiene su sede en Bonn, Alemania.
Consulte el diagrama organizativo de la Secretaría PNUMA/CMS para una descripción más detallada de la estructura organizativa de la Secretaría de la CMS.