La introducción de una ley federal en Argentina en los años 60 que proclamaba al cauquén colorado como una plaga promovió la destrucción activa de la especie y la persecución en sus lugares de invernada, contribuyendo a la disminución de la población. Aunque esta proclamación fue anulada en 1985, la introducción del zorro gris de la Patagonia para controlar al conejo europeo en Tierra del Fuego ha contribuido al declive de la especie en los últimos años. Además de esto, otros factores como la caza de trofeos, el uso excesivo de agroquímicos en la provincia de Buenos Aires y la modificación del hábitat tanto en Chile como en Argentina son algunas de las amenazas actuales a las cuales se enfrenta el cauquén colorado.