En raison de son état de conservation alarmant – il ne reste pas plus de 500 phoques en Méditerranée et le long des côtes de l’Atlantique Est - l’UICN a classé l’espèce dans la catégorie En danger critique. Les populations de phoque moine jouent un rôle important dans les écosystèmes côtiers et marins, mais ont été considérablement réduites par les phénomènes naturels et le développement des activités humaines. En Atlantique Est, elles sont particulièrement touchées par certains facteurs humains tels que la mortalité par enchevêtrement dans les engins de pêche, la surpêche, la chasse et la persécution, la pollution, ainsi que par des facteurs naturels tels que le phytoplancton toxique. De plus, la destruction des sites de reproduction et l’effondrement des grottes de reproduction accélèrent encore la perte d’habitat.