Debido a su alarmante estado de conservación—quedan menos de 500 focas en el Mediterráneo y a lo largo de la costa atlántica oriental—la UICN ha clasificado esta especie como En Peligro Crítico. Las poblaciones de foca monje desempeñan una importante función en los ecosistemas costeros y marinos. Sin embargo, los fenómenos naturales y el desarrollo de las actividades humanas han reducido su número considerablemente. Las poblaciones del Atlántico Oriental de la foca monje del Mediterráneo sufren en gran medida por el atrapamiento y muerte en las redes de pesca, sobrepesca, caza y persecución por parte de los humanos y contaminación, así como por factores naturales como el fitoplancton tóxico. Además, la destrucción de los lugares de cría y el hundimiento de las cuevas donde se reproducen también aceleran la pérdida de su hábitat natural.