Les Groupes de travail sont normalement créés d’une manière formelle ou informelle dans le contexte des organes (décisionnaires ou subsidiaires) de la CMS y ses instruments. Certains de ces Groupes de travail sont opérationels uniquement pendant la réunion de ces organes, tandis que d’autres sont chargés de travailler entre les sessions afin d’émettre des conseils ou des recommandations. Selon la nature de leur mandat, les Groupes de travail peuvent être constitués de représentants des États membres ou d’experts scientifiques issus ou non des organes techniques de ces instruments.
D’autres Groupes de travail sur divers sujets et espèces ont été créés sous l’égide des Accords et MdE.