La Conferencia de las Partes (COP) es el principal órgano decisorio de la Convención, tal y como se establece en el Artículo VII del texto de la CMS.

Se reúne una vez cada tres años y establece el presupuesto y las prioridades de los tres años siguientes (el trienio). También decide sobre la enmienda de los Apéndices y examina los informes presentados por las Partes, el Consejo Científico y los Acuerdos establecidos en el marco de la Convención. También se encarga de recomendar a las Partes la celebración de nuevos Acuerdos regionales para la conservación de determinadas especies o grupos de especies.

Todas las Partes tienen derecho a asistir a la Conferencia y participar en las votaciones. Los Estados no Partes tienen derecho a enviar observadores, al igual que las ONG activas en el ámbito de la conservación y otras organizaciones de las Naciones Unidas.

La primera COP, celebrada en 1985, estableció un Comité Permanente, cuya tarea es supervisar el funcionamiento de la Convención y de la Secretaría entre las sesiones de la COP. Sus miembros son los representantes regionales electos de las Partes, más el Gobierno Depositario (Alemania) y los Gobiernos anfitriones de la COP anterior y siguiente.

Hasta la fecha se han celebrado doce reuniones de la Conferencia de las Partes. Algunas se han celebrado en centros de las Naciones Unidas, mientras que otras, como la COP11 y la COP12, han sido acogidas por una de las Partes.

En la primera COP, celebrada en 1985, participaron unos 50 delegados en representación de las diecinueve Partes existentes en aquel momento. Desde entonces, el número de asistentes no ha dejado de crecer y, por lo general, la COP atrae a varios cientos de delegados y a un número similar de observadores que representan a Estados no Partes, organismos de las Naciones Unidas, secretarías de acuerdos establecidos en el marco de la Convención, ONG conservacionistas y otros organismos internacionales activos en el ámbito de la conservación y el uso sostenible.

El Consejo Científico de la Convención proporciona asesoramiento técnico a la Conferencia. El Consejo está compuesto por expertos nacionales y especialistas taxonómicos, temáticos y geográficos nombrados por la Conferencia.

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