La Conférence des Parties (COP - Conference of the Parties) est l’organe décisionnaire de la Convention. Elle se réunit tous les trois ans.

Son Comité permanent (StC - Standing Committee) donne des orientations politiques et administratives entre les réunions.

Le Conseil scientifique (ScC - Scientific Council) se réunit entre les sessions de la COP pour fournir des avis et conseils scientifiques et pour identifier les priorités de recherche et de conservation.

Le Secrétariat développe et promeut les accords, fournit les services nécessaires aux réunions, soutient et supervise les projets de recherche et de conservation, et coopère avec les gouvernements et les organisations partenaires. Le Secrétariat est assuré par le Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE) et est basé à Bonn, en Allemagne.

L’organigramme du Secrétariat PNUE/CMS offre un aperçu plus détaillé de la structure organisationnelle du Secrétariat de la CMS.