Flamencos altoandinos han experimentado amenazas directas por la recolección de huevos para consumo en el mercado, una práctica que fue más común durante la segunda mitad del siglo XX hasta la década de 1980. Las  amenazas indirectas procedentes de perturbaciones humanas, en particular actividades mineras no reguladas han dado lugar a la erosión de los lugares de anidación, contaminación del agua, y reducción en la disponibilidad de agua. Además de estas amenazas, se ha asociado el cambio climático con el mayor retroceso de los glaciares de montaña en los Andes. Este retroceso de los glaciares sin precedentes probablemente afectará el suministro de agua a los humedales andinos en un futuro próximo.